Từ khi ra mắt, phim của đạo diễn Huỳnh Tuấn Anh mắc nhiều điểm trừ. Anh Nguyễn Phong Việt - người nhiều năm làm phát hành phim - đánh giá cao sự dũng cảm của ê-kíp khi chọn đề tài lịch sử nhưng nhận xét kịch bản thiếu điểm nhấn, câu chuyện diễn biến khá chậm. Phim lồng ghép một số chuyện về thích khách hoặc kẻ phóng hỏa nhằm tạo kịch tính. Tuy nhiên, những đoạn này hầu như "gãy" về cảm xúc với phần dàn dựng theo kiểu ước lệ. Cảnh hỏa hoạn ở tập ba chỉ được mô tả sơ sài bằng hình ảnh người trong cung chạy qua lại.[56]

Số đông khán giả nhận xét hình ảnh kỹ xảo của Phượng khấu thiếu thuyết phục và thẩm mỹ. Nhiều cảnh phim gây cảm giác giả, lộ rõ việc diễn viên ghi hình trên phông xanh và ghép với khung cảnh được vẽ hoàn toàn bằng 3D phía sau. Ở một cảnh phim trong tập 2, đoàn phim để sót chi tiết một viên quan đứng trên phông xanh. Về sau, chi tiết này được cắt bỏ đi. Trong cảnh Hoàng đế Thiệu Trị đăng cơ, hình ảnh để lộ việc sử dụng kỹ xảo nhân số người trên khung hình, để từ vài diễn viên đóng vai quan lại tạo ra khung hình cả trăm vị quan bái lạy nhà Vua. [57]

Thể hiện của dàn sao chưa đồng đều. Một số điểm sáng là nghệ sĩ Minh Trang trong vai Hiền phi nhiều bi kịch, hay Lê Thiện hóa thân thành Thái hoàng thái hậu uy quyền. Vai chính của Hồng Đào có biểu cảm tốt nhưng hơi hụt cảm xúc do được lồng tiếng. NSƯT Thành Lộc (vai vua Thiệu Trị), NSND Hồng Vân (vai bà phi Phương Nhậm) tròn vai dù vẫn bị ảnh hưởng bởi lối diễn sân khấu. Ngoài ra, dàn diễn viên lớn tuổi khiến phim mất sức hấp dẫn của dòng cung đấu.[56] Lối diễn thiên kịch, nhả thoại quá chậm, nhấn trọng âm nhiều và ngắt một câu thành nhiều vế khiến khán giả mệt mỏi. Lối nhả thoại này cũng khiến mạch phim bị kéo chậm, lê thê ở những tình tiết có thể xử lý nhanh hơn.[58] Điều mấu chốt tạo nên sự lôi cuốn của bất kỳ bộ phim nào là kịch bản và cách xây dựng nhân vật thì Phượng Khấu chưa thuyết phục được người xem. Năm tập phim trôi qua khá rời rạc khi mỗi tập dường như “nhấn” vào một nhân vật để giới thiệu lẫn dự báo tính cách mỗi người, kèm theo đó là mưu đồ tranh đoạt nhưng lại chưa tới nơi tới chốn. Một Hiền phi - đệ nhất sủng phi của Minh Mạng (NSƯT Minh Trang) tham vọng ngôi vị, dám xông vào nơi Vua Thiệu Trị đang ngự triều để đòi tấn phong Hoàng thái phi chỉ với bộ phượng bào “làm chứng” trong khi chẳng có di chiếu tiên đế.[59][60]

Trong khi đó, nhóm diễn viên phụ đóng gượng hoặc cường điệu quá mức. Ở cảnh Hiền phi bị tố cáo trong tập bốn, phản ứng của các quan và Hoàng tử thiếu tự nhiên. Trong tập 11, trích đoạn Tịnh Yên (Hằng Nguyễn) thú tội không ấn tượng do diễn viên biểu cảm còn yếu. Một số cảnh nặng tính kể lể, giải thích bằng lời khiến người đóng bộc lộ điểm yếu đài từ, cách nhấn nhá chữ. Cách chèn nhạc nền khá mạnh vào mỗi lần nhân vật có biến chuyển hay sắp nói điều quan trọng áp đặt cảm xúc người xem.[56][57][58]